In 2001 kwam een omvangrijke hbo-fraude aan het licht. Een voormalig medewerker van Saxion Hogescholen maakte via de media bekend dat verschillende hogescholen studenten bij het rijk voor bekostiging in rekening brachten, terwijl ze er niet studeerden. Uiteindelijk besloot de Tweede Kamer de commissie-Schutte op pad te sturen. Die concludeerde in 2005 dat er 110 miljoen euro te veel aan bekostiging was uitgekeerd. De ‘onregelmatigheden’ waarvoor de Hogeschool Rotterdam opdraaide, waren een erfenis van de HES Rotterdam die in 2002 met de Hogeschool Rotterdam fuseerde. Die instelling ontving subsidie voor uitwisselingsstudenten die gedurende een bepaalde periode een beperkt aantal vakken volgden. Volgens de hogeschool was daar niets frauduleus aan, maar Schutte oordeelde anders en constateerde dat er ruim 600.000 euro te veel was uitgekeerd aan de HES. Het ministerie verhoogde dat bedrag na controle van haar eigen accountants tot bijna zeven ton. De hogeschool vocht deze beslissing succesvol aan bij de Rotterdamse rechtbank waarna OCW naar de Raad van State stapte die de uitspraak van de rechtbank terugdraaide. Daarmee werd de uitspraak definitief, tot grote teleurstelling van het bestuur van de hogeschool.